SNP Genotipleme

1. Sanger Dizileme Analizi:

Hedef gen bölgelerinde bilinmeyen mutasyon ve polimorfizm taramaları için ideal ve altın standart yöntemdir. Bu yöntemde floresan işaretli ddNTP nükleotitler kullanılak enzimatik tek zincir DNA sentezi gerçekleşir ve kapiler elektroforez cihazlarında okuma yapılarak diziyi ortaya çıkartan kromotogram elde edilir. Sanger dizilemede bir gen için en fazla 600 bazlık bir bölüm incelenebilir.

Aşağıdaki uygulamalardan birisi sizin araştırmanız kapsamındaysa bu yöntemi tercih edebilirsiniz;

  • Bilinmeyen hedef DNA bölgelerinin dizilenmesi, De-Novo dizileme, NGS Sonuçlarının doğrulanması, Mitokondri genomu dizileme,
  • HLA doku tipleme,
  • Bir hastalık veya protein ile ilişkili gende daha önce bulunmamış bir genetik değişikliğin belirlenmesi
  • Adli tıp analizleri,
  • Tarım ve Hayvancılıkta SNP genotipleme,
  • DNA üzerindeki epigenetik bölgelerin bulunması, Metilasyon analizi,
  • Hastalık sebebi veya çevresel kirlilik sebebi mikroorganizmaların 16S rRNA gen analizi,
  • Metagenomik, Mikrooganizmalar arası sınıflandırma çalışması

2. Enzim Kesimi Analizi (Restriksiyon Endonükleaz-REA)

Tip-2 Restriksiyon endonükleaz, çift zincirli DNA moleküllerinde belirli nükleotit dizilerini tanıyan ve her iki zinciri birlikte kesen enzimlerdir. Bakterilerin kendi genomlarını doğal koruma mekanizması olarak keşfedildiler ve genetik biliminin önemli bir aracı oldular. Restriksiyon enzimleri, genetik araştırmalarında gen sentezi ve gen klonlaması çalışmalarında sıklıkla kullanılırken genotipleme aracı olarak da kullanılabilir.

Sanger dizileme bir gen bölgesindeki tüm polimorfizm ve mutasyonları ortaya çıkartırken, yalnızca belirli bir alelin taranması için zahmetli ve yüksek maliyetli bir yöntemdir. Çok fazla sayıda örnekte bir veya birkaç alelelin taranması için bu gen bölgeleri çoğaltıldıktan sonra yabanıl tip ile polimorfik aleller, genetik değişimin olduğu bölgeyi kesen/kesmeyen bir endonükleaz enzimi ile jel üzerinde kolaylıkla ortaya çıkartılabilir. Böylelikle bilinen alellere yönelik daha hızlı ve düşük maliyetli bir genotipleme yöntemi olarak uygulanmaktadır.

Doğru sonuçlara ulaşabilmek için deneysel kurgu önemlidir. Çalışmaya başlamadan önce aşağıda anlatılan ön hazırlıkların yapılmasını tavsiye ederiz:

  • Nokta mutasyonlar, enzim ile DNA'nın kesilmesi veya kesilmemesi yollarından birisi ile belirlenebilir. Tip-2 kesim enzimleri yalnızca belirli dizilere duyarlı olarak işlevsel olduklarından en uygun ve ucuz enzimin belirlenebilmesi için her iki açıdan da hedef bölgeyi incelemek gerekir.
  • Hedef diziye ve varyasyon bölgesine göre kesim enzimleri belirleyebilmek için ücretsiz ve online bir araç olan NEB Cutter (http://nc2.neb.com/NEBcutter2/) yazılımını tavsiye ediyoruz.
  • Kullanılacak enzim, yalnızca bir alel varlığında oluşan diziyi kesmelidir. Hem yabanıl tip alelin hem de mutant/polimorfik alelin enzim tarafından kesilmesi durumunda varyasyon belirlenemez.
  • Kesim enzimi uygulanmasından önce hedef bölgenin belirli bir uzunlukta PCR ile çoğaltılması ve PCR ürününün saflaştırılması gerekir. Bu PCR ürünlerinin nükleotid dizilimlerinde, seçilen kesim enziminin tutunabildiği benzer dizilerin bulunup bulunmadığına dikkat edilir. Aksi durumda kesim enzimi, varyasyonlu bölge haricinde de PCR ürününü keseceği için analiz gelde görüntülenen bantlar karmaşıklaşabilir.
  • Enzim ile kesilecek varyasyonlu bölgenin PCR ürünü dizisinde orta kısımlarda bulunmaması önemlidir. Enzimle kesilen PCR ürününün oluşturduğu ve jelde görüntülenen iki bant birbirinden farklı uzunluklarda olmalıdır. Bu durum primerlerin optimize edilmesi ile sağlanabilir.

3. Alele Özgü PCR Analizi

Bilinen SNP veya nokta mutasyonlarının çok sayıda örnekte taranmasına yönelik bir REA çalışması, hedef bölgeye özgün endonükleaz enziminin bulunamaması ile yapılamayabilir. Alternatif olarak Alele Özgü PCR analizi çözüm oluşturur. Bu yöntemde PCR primerlerinin 3’-ucundaki son nükleotid SNP veya nokta mutasyon ile hibridize olacak şekilde tasarlanır. Bu sayede uygun primer tasarımı ile SNP veya nokta mutasyon yalnızca PCR tepkimesinin jelde görüntülenmesi ile ortaya çıkartılır.

PROTEİN ANALİZİ

1. Yüzey Plazmon Rezonansı (SPR) Analizi

Bu yöntem teoride ışık ile ince film metal etkileşimine dayanır. SPR cihazında, bulunduğu ortama göre yüksek refraktif indeksi olan malzeme üzerine ince film altın kaplanır ki bu SPR çipidir. Altın kaplı SPR çip üzerine, monokromatik ışık ile (çoğunlukla lazer) belirli bir açıda uyarıldığında, ışıktan gelen bir miktar enerji altının serbest elektronlarına ve altın yüzeyinde oluşan plazmonlara aktarılır. Oluşan plazmon, özgün bir refraktif indeks ortaya çıkarır ve bu olgu herhangi bir moleküler tespit için kullanılabilir.

SPR uygulamasında: İnce film altın yüzey üzerine, incelenecek molekül sabitlenir ve buna ligand denilir. Ligand; antikor, aptamer, hücre, enzim veya virüs olabilir. Hedef molekül sıvı ortamda, liganda doğru gönderilir ve bu moleküllere analit denilir. Analit ile ligand arasında birleşim veya ayrışım olduğunda, altın yüzeyin refraktif endeksi değişir ve bu değişim ile lazer'in sapma açısı hassas sensörler ile ölçülebilir.

SPR teknolojisinin bir çok avantajı vardır ve bunlardan en önemlisi işaretsiz-tespit (label-free detection) yöntemi olmasıdır. SPR ile biyolojik ve kimyasal malzemeler ve bunların moleküler etkileşimleri, moleküller herhangibir florasan, manyetik vb bir ilave molekül ile işaretlenmeden çalışılabilir. Ligand-Analit etkileşimi gerçek zamanlı olarak incelenebilir, avidite ve afinite hesaplanabilir. SPR tekniği ile ELISA kadar ve bazı durumlarda daha hassas sonuç alınabilir.

2. SDS-PAGE, 2D Jel Elektroforezi ve Electroblotting

Bu hizmet henüz aktif değildir. Önümüzdeki yaz aylarında sunuma hazır hale getirmek üzere çalışıyoruz.

3. ELISA Analizi

Bu hizmet henüz aktif değildir. Önümüzdeki yaz aylarında sunuma hazır hale getirmek üzere çalışıyoruz.

EPIGENOMİK ANALİZ

1. CpG Metilasyonu ve Hidroksimetilasyonu Taraması

İlgili bilgi ve açıklamalar bu bölüme yüklenmek üzere hazırlanmaktadır. Bu yöntemle ilgileniyorsanız, ayrıntılı bilgi için görüşmek isteriz.

2. Metilasyona Özgü Kesim Enzimi Analizi

İlgili bilgi ve açıklamalar bu bölüme yüklenmek üzere hazırlanmaktadır. Bu yöntemle ilgileniyorsanız, ayrıntılı bilgi için görüşmek isteriz.

3. Metilasyona Özgü PCR

İlgili bilgi ve açıklamalar bu bölüme yüklenmek üzere hazırlanmaktadır. Bu yöntemle ilgileniyorsanız, ayrıntılı bilgi için görüşmek isteriz.

 

APTAMER ÜRETİMİ / KEŞFİ

1. SELEX: Aptamer Seçimi/Belirlenmesi

İlgili bilgi ve açıklamalar bu bölüme yüklenmek üzere hazırlanmaktadır. Bu yöntemle ilgileniyorsanız, ayrıntılı bilgi için görüşmek isteriz.

 

GEN MODİFİKASYONU HİZMETİ

1. CRISPR-Cas9 Uygulaması

Bu hizmet henüz aktif değildir. Önümüzdeki yaz aylarında sunuma hazır hale getirmek üzere çalışıyoruz.

Bu yöntemle ilgileniyorsanız, ayrıntılı bilgi için görüşmek isteriz.

2. Plasmid Tasarımı, Klonlama ve Bakteri Transformasyonu

Bu hizmet henüz aktif değildir. Önümüzdeki yaz aylarında sunuma hazır hale getirmek üzere çalışıyoruz.

Bu yöntemle ilgileniyorsanız, ayrıntılı bilgi için görüşmek isteriz.

3. siRNA - miRNA Tasarımı ve Transfeksiyonu

Bu hizmet henüz aktif değildir. Önümüzdeki yaz aylarında sunuma hazır hale getirmek üzere çalışıyoruz.

Bu yöntemle ilgileniyorsanız, ayrıntılı bilgi için görüşmek isteriz.

IMMUNOFLORASANS / APTAMER-FLORASANS HİZMETİ

1. Immunoflorasans Uygulaması

İlgili bilgi ve açıklamalar bu bölüme yüklenmek üzere hazırlanmaktadır. Bu yöntemle ilgileniyorsanız, ayrıntılı bilgi için görüşmek isteriz.

2. Aptamer-Florasans Uygulaması

İlgili bilgi ve açıklamalar bu bölüme yüklenmek üzere hazırlanmaktadır. Bu yöntemle ilgileniyorsanız, ayrıntılı bilgi için görüşmek isteriz.

yerli-uretim-nehirbt